該如何選擇RACE試劑盒呢? @遠慕解答_技術(shù)文章

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該如何選擇RACE試劑盒呢? @遠慕解答
閱讀次數(shù)：571 發(fā)布時間：2020/3/20 16:31:31

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我們研究mRNA功能時，*常規(guī)的操作就是使用實時定量PCR分析功能基因的表達。研究人員僅需下載GenBank中目的基因的參照mRNA序列，設(shè)計、合成一對基因特異性擴增引物和一對適宜的看家基因擴增引物，抽提檢測樣品的總RNA，反轉(zhuǎn)錄，進行實時定量PCR擴增，通過比較試驗組和對照組的基因表達情況，就能確定試驗處理能否影響功能基因的表達�？此品浅：啽愕牟僮髡娴哪苓_到試驗?zāi)康膯�？答案是，你可能真的做錯了�。�！下面就讓遠慕生物的小編來給各位解答吧！

研究mRNA功能時，科研人員可能忽略了一個重要的試驗環(huán)節(jié)——RACE。

cDNA末端快速擴增技術(shù)（rapid amplification of cDNA ends，RACE）是一種基于PCR從低豐度的轉(zhuǎn)錄本中快速擴增cDNA的5＇和3＇末端的有效方法。實時定量PCR之前的RACE試驗主要是為了①確定實驗樣本里的功能基因全長序列；②更為關(guān)鍵的，確定目的基因是否存在可變剪接（也稱為選擇性剪接，alternative splicing），可變剪接的數(shù)量及相應(yīng)序列。

大量的功能基因通過可變剪接編碼不同的蛋白，同一基因的不同可變剪切甚至可以執(zhí)行不同，甚至是完全相反的功能。

以上圖為例，該基因如果存在E1~E4 4個外顯子，在檢測樣品中該基因存在外顯子跳躍所導(dǎo)致的可變剪接現(xiàn)象，對應(yīng)序列分別為完整的蛋白，E4、E3和E2缺失的不同氨基酸編碼產(chǎn)物。當基因特異性定量的引物設(shè)計區(qū)域位于區(qū)域1和3時，定量檢測結(jié)果顯示的是該基因4種可變剪接的總表達情況，不能分析不同可變剪接的各自的表達；當引物設(shè)計區(qū)域位于區(qū)域2 時，所設(shè)計的上、下游引物位于哪個外顯子或是哪些外顯子，將直接影響實時定量PCR的試驗結(jié)果，并與區(qū)域1 和區(qū)域3的檢測結(jié)果存在差異。

在實時定量PCR前，只有通過RACE技術(shù)獲得目的序列的可變剪接序列信息，即是否存在可變剪接，并針對不同可變剪切體的差異區(qū)域設(shè)計相應(yīng)的實時定量PCR檢測引物，才能獲得相應(yīng)的可變剪接體的表達情況，確定試驗處理對基因表達的影響。

那么，我們該如何選擇RACE試劑盒呢?

我們推薦遠慕生物RACE cDNA合成試劑盒。該試劑盒使用了*經(jīng)典的SMART技術(shù)，并做了如下優(yōu)化：

1. 將5?端跳轉(zhuǎn)接頭的合成方式從RNA轉(zhuǎn)變?yōu)镈NA。不僅降低了試劑盒運輸和儲存的難度，也使得試驗體系更為穩(wěn)定。
2. 兩端接頭引物從單一序列變?yōu)椴煌蛄�。避免因接頭引物單引物自擴增，產(chǎn)生非特異性擴增產(chǎn)物的風險。
3. 引物體系按物種分為植物、動物和帶poly A尾的病毒3種不同的試劑盒。
4. 通過調(diào)整轉(zhuǎn)錄Buffer，使得反轉(zhuǎn)錄酶的末端轉(zhuǎn)移酶活性由末端加1~3個C，優(yōu)化成末端加6~7個C，5?跳轉(zhuǎn)效率更為高效，更容易獲得5?端全長。

遠慕生物的RACE cDNA合成試劑盒表現(xiàn)優(yōu)異，能夠?qū)崿F(xiàn)高效和穩(wěn)定基因全長克隆結(jié)果，使研究人員更容易獲得功能基因的可變剪接。

讓我們選擇正確的功能基因研究操作，讓我們選擇遠慕生物RACE cDNA合成試劑盒。

原創(chuàng)作者：上海遠慕生物科技有限公司