三種染色方式下四種核酸染料的靈敏度比較_技術文章

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三種染色方式下四種核酸染料的靈敏度比較
閱讀次數(shù)：526 發(fā)布時間：2020/5/12 11:25:21

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1.3.2 染樣品法同時制備四塊不加染料的1％瓊脂糖凝膠。待凝膠冷卻凝固后，放入同一電泳槽中。將分別將0.5 ng、1 ng、2 ng、5 ng、10 ng、20 ng及50 ng的DL 15 000＋2 000與4種染料混合，避光10 min.然后于不同泳道中加入。使用5V/cm的電壓進行電泳，*后用凝膠成像系統(tǒng)觀察拍照。

1.3.3 后染法同時制備四塊不加染料的1％瓊脂糖凝膠。待凝膠冷卻凝固后，放入同一電泳槽中。于不同泳道中分別加入0.5 ng、1 ng、2 ng、5 ng、10 ng、20 ng及50 ng的DL 15 000＋2 000.使用5V/cm的電壓進行電泳。電泳后將凝膠分別浸入用1×TAE稀釋的4種不同染液中。按照說明書要求，GoldViewna II、GoldView、DNA Green及EB避光染色的時間分別為60 min、30 min、30 min、30 min.DNA Green染色完畢后還需用1×TAE脫色30 min.*后用凝膠成像系統(tǒng)觀察拍照。

2 結果與分析

2.1 染膠法

染膠法的結果表明四種染料使用該法的靈敏度均，其中GoldViewna II能檢測到的DNA含量約為0.5 ng；EB能檢測到的DNA含量約為1 ng；GoldView與DNA Green能檢測到的DNA含量約為2 ng.

2.2 后染法

后染法的結果表明四種染料使用該法的靈敏度低于染膠法。其中GoldViewna II能檢測到的DNA含量約為1ng；EB能檢測到的DNA含量約為2 ng；DNA Green與GoldView能檢測到的DNA含量約為5 ng.圖2 使用后染法比較4種核酸染料染色DNA的靈敏度

2.3 染樣品法

染樣品法的結果表明四種染料使用該法的靈敏度。其中GoldViewna II能檢測到的DNA含量約為2 ng；EB與DNA Green能檢測到的DNA含量約為5 ng、GoldView能檢測到的DNA含量約為10 ng.

3 討論

GoldViewna II是國內近年來推出的新型核酸染料，與SYBR Green I同屬花青類染料。SYBR Green I是幾年前推出的一種高靈敏度［3］且不具有強致突變性［4］的核酸染料，但由于其高昂的價格限制了它的廣泛使用。上述實驗表明GoldViewna II的靈敏度高，同時具有花青類染料不具強致突變性的優(yōu)點，價格也比SYBR Green I便宜數(shù)倍。雖然其穩(wěn)定性不如EB［3］且反復凍融效果變差，但只需要-20℃避光保存和分裝使用即可。

DNA Green是國內*近才推出的新型核酸染料。它的靈敏度與EB相當?shù)尘奥愿哂贓B，但該染料的價格比GoldViewna II還便宜且穩(wěn)定性比較好，4℃避光保存即可。

GoldView是國內較早使用的新型核酸染料，它的靈敏度比EB略低且背景太高。不適合做微量的DNA檢測。但該染料穩(wěn)定性也比較好，4℃避光保存即可，價格是這三種染料中的。

這些新型核酸染料均可替代EB廣泛使用，從而減少大量使用EB對人體的危害和對環(huán)境的污染。使用者可以根據(jù)自己的需要選擇合適的染料。

染色方法比較可以看出：染膠法的檢測靈敏度；后染法的檢測靈敏次之；染樣品法的檢測靈敏度，不適合做微量DNA檢測。此外，后染法用于新型核酸染料很不合適�；ㄇ囝惾玖嫌糜诤笕痉ㄐ枰獙⑷玖嫌�1×的電泳緩沖液稀釋到聚丙烯容器中，在避光條件下該溶液*多可以在24小時內被使用且染2～3塊凝膠后其靈敏度會降低，結果略。這樣的結果導致染料的巨大消耗，成本太高。DNA Green用于后染的工作濃度為10×，也就是染料用量提高10倍即成本增加10倍，而且在染色半小時后，由于其高背景還需要脫色半小時，延長了實驗時間。既往有研究推薦使用后染法的原因是染色的DNA帶型平直不扭曲［2］。我們的實踐經(jīng)驗得出，電泳時控制合適的電壓和上樣量，新型核酸染料使用染膠法也能達到同樣效果。故使用新型核酸染料染色DNA時推薦采用染膠法。

原創(chuàng)作者：上海遠慕生物科技有限公司