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怎么選擇磁珠和瓊脂糖珠 遠(yuǎn)慕新聞√
閱讀次數(shù):439 發(fā)布時間:2020/9/14 11:05:31
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蛋白純化似乎是生物學(xué)“研究僧”們躲不過的一個“劫”,很多童鞋開始就難住了,微珠怎么選?選哪一種?小朋友你是否也有很多問號?不用擔(dān)心,遠(yuǎn)慕生物為您解惑!

長久以來,多孔的瓊脂糖珠 (也稱瓊脂糖樹脂) 作為免疫沉淀實驗中的固相支持物常用的材料。

瓊脂糖珠海綿狀的結(jié)構(gòu) (直徑 50-150 μm) 可以結(jié)合抗體 (繼而結(jié)合靶蛋白),它能夠直接高效、快速結(jié)合抗體,而不需借助特殊的專業(yè)設(shè)備。

圖 1. 瓊脂糖珠

在無需抗體飽和的情況下,瓊脂糖珠能很好的結(jié)合極大量目的蛋白。但值得注意的是,在免疫沉淀實驗中,抗體的量常常不足以滿足瓊脂糖珠的飽和荷載量,沒有被抗體覆蓋的瓊脂糖珠的部分則可以自由地結(jié)合任何可粘附的物質(zhì),這種非特異性結(jié)合升高引起背景信號升高,這時,“高荷載量優(yōu)勢”會變成“高荷載量劣勢”。對裂解樣本進(jìn)行預(yù)處理操作,是去除非特異性結(jié)合物*為簡單有效的方法。

■ 預(yù)處理

裂解樣本是蛋白質(zhì)、脂質(zhì)、碳水化合物和核酸的混合物,與抗體、蛋白 A/G、微珠材料會發(fā)生非特異性結(jié)合,從而對免疫沉淀結(jié)果造成影響。主要方法有兩種:

a. 排除由于微珠本身材質(zhì)引起的非特異性結(jié)合:將裂解樣本與微珠單獨混合孵育,隨后去除微珠并收集上清液,再進(jìn)行免疫沉淀實驗。

b. 排除由細(xì)胞成分引起的非特異性結(jié)合:使用相同抗體亞型類別但不靶向目的蛋白的抗體,在相同的組分條件中與裂解樣本混合孵育,再進(jìn)行免疫沉淀實驗。

目前,超順磁性微珠已經(jīng)大幅取代瓊脂糖珠,成為免疫沉淀和其他微量親和純化方法的首先選擇。

與瓊脂糖珠不同,磁珠是固體,抗體的結(jié)合僅限于磁珠的表面。磁珠 (直徑 1-4 μm) 明顯小于瓊脂糖珠,盡管磁珠沒有多孔中心增加結(jié)合能力,但每體積的磁珠數(shù)量比瓊脂糖珠多,使磁珠擁有足夠的抗體結(jié)合表面積滿足高容量的抗體結(jié)合。

圖 2. 磁珠

■ 結(jié)合能力

由于瓊脂糖珠直徑較大且具有海綿狀結(jié)構(gòu),因而比磁珠有更大的表面積和更大的結(jié)合能力。但是瓊脂糖珠的可變多孔徑會使抗體會落入孔內(nèi),導(dǎo)致結(jié)合受限,尤其是超大蛋白 (一般是蛋白復(fù)合物) 的結(jié)合,并且抗體可能會在洗滌步驟 (離心) 中流失。相反,綁定在磁珠表面的抗體均能與目的蛋白結(jié)合,并且抗體很少會在溫和的洗滌步驟 (磁性分離) 中流失。

另外,瓊脂糖珠的非特異性結(jié)合能力大于磁珠。瓊脂糖珠的非特異性結(jié)合不限于其表面抗體結(jié)合位點,抗體的任何表面或參加免疫沉淀反應(yīng)的成分均可與樣品中非目的蛋白成分結(jié)合,即使使用完全飽和的珠子,仍會發(fā)生非特異性結(jié)合。因此,進(jìn)行免疫沉淀之前預(yù)處理樣品極為重要。

■ 成本

免疫沉淀中設(shè)計微珠的成本主要取決于免疫沉淀方法和每個免疫沉淀反應(yīng)所需要的微珠量。

瓊脂糖珠:瓊脂糖珠必須通過離心濃縮在管底部,并在每次孵育和洗滌除去上清液,通常需要肉眼識別管底部的瓊脂糖珠,因此,每個免疫沉淀實驗至少需要使用 25-50 μL 的瓊脂糖珠。

磁珠:采用磁性分離,無需設(shè)定*小體積的的磁珠使用量,用量僅取決于目的蛋白和免疫沉淀抗體。

當(dāng)然,在使用瓊脂糖珠的過程中,可以使用過濾離心柱代替普通的微量離心管,該離心柱包含一個過濾器,允許通過短暫的離心使除珠子外的所有免疫沉淀成分流過,因此可以顯著減少每個反應(yīng)所需的瓊脂糖珠使用量。

■ 簡單快速

由于瓊脂糖珠免疫沉淀需要較長的孵育時間,預(yù)處理步驟和多次離心,所以其需要大量的手動操作,總時間為 1-1.5 小時。相反,磁珠免疫沉淀反應(yīng)不需要離心,配合使用磁性分離架磁性分離,在 30 分鐘內(nèi)即可完成實驗,因此可以在較短時間內(nèi)輕松處理并獲得較多樣本的分析數(shù)據(jù)。

■ 自動化

磁珠操作簡便,因此可以使用自動化免疫沉淀設(shè)備,不僅節(jié)省了工作量和時間,還可以應(yīng)用于高通量。

當(dāng)樣品體積< 2 mL,建議使用磁珠。在日常小型分離特定蛋白質(zhì)和蛋白復(fù)合物時,以及進(jìn)行手動和自動化標(biāo)準(zhǔn) IP、Co-IP、ChIP、ChIP-Seq、RIP 和 Pull-down 反應(yīng)并立即用于后續(xù)檢測分析時,磁珠是*佳選擇。

當(dāng)樣品體積> 2 mL,建議使用瓊脂糖珠。當(dāng)抗體成本較低并且想要純化大量目的蛋白用于多種下游分析時,瓊脂糖珠是*佳選擇。

原創(chuàng)作者:上海遠(yuǎn)慕生物科技有限公司

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